Ich würde eher dazu tendieren, dass der Bonus normal weiter gilt.
Touch Attacks
Some attacks disregard armor, including shields and natural armor. In these cases, the attacker makes a touch attack roll (either ranged or melee). When you are the target of a touch attack, your AC doesn’t include any armor bonus, shield bonus, or natural armor bonus. All other modifiers, such as your size modifier, Dexterity modifier, and deflection bonus (if any) apply normally.
Beim Touch Attack werden ja nur die Rüstungen ignoriert, aber du musst trotzdem den Gegner immer noch treffen um ihn zu berühren, egal ob melee oder ranged. Eher mit mir streiten lassen würd ich beim flat footed, wobei auch da der gegner hinter seiner cover stehen kann und geschützt wird, selbst wenn er dem angriff nicht ausweichen kann.
Also nach Cover und Touch Attack regelbeschreibung tendier ich zum Bonus. ich schau nochma in die FAQ