Mutationen und die Art und Weise wie man sie bekommt machen einen wichtigen Aspekt von Black Crusade aus und ich würde eine ungewünschte Mutation eher als Herausforderung für interessantes Rollenspiel sehen.
Wie geht der Charakter mit sowas um? Versucht er/sie die Mutation geheimzuhalten oder loszuwerden? Würde der Charakter vielleicht sogar drastische Maßnahmen ergreifen um sie loszuwerden (Amputation, mechanische Körperteile etc.) oder sieht er sie als Gunst der Götter an, auch wenn sie vielleicht schokierend ist?
Das alles gehört meiner Meinung nach zu dem Spiel dazu und bietet eigentlich eine Grundlage für gutes Rollenspiel.
Darüber hinaus kann ein wirklich unbeliebtes Ergebnis ja auch noch, wie von den anderen schon beschrieben, durch den Infamywert modifiziert werden. Man hat also in der Regel zwei bis drei unterschiedliche Ergebnisse zur Auswahl.
Ich würde mir daher einfach überlegen, ob es nicht interessanter ist sich zu überlegen welche Konsequenzen eine Mutation für den Charakter hat und wie er mit sowas umgeht, als den Versuch zu unternehmen einen "perfeken" Charakter zu erschaffen.
Perfekte Charaktere, ohne Schwächen und Makel, sind sowieso langweilig.