Da ich ja weiss, warum du das Rapier haben wolltest (und das du genau deswegen den Schurkenlevel genommen hast), stellt sich mir gerade die Frage, ob du das nicht viel einfacher haben könntest.
Da du Weapon Finesse eh frühestens auf Stufe 3 bekommen kannst, seh ich die Sache so:
Ein short sword macht für nen kleinen Charakter 1d4 Schaden bei einer critical range von 19-20/x2 (zum Vergleich:Rapier 1d4 18-20/x2).
Ein Kukri macht 1d3 Schaden bei ne range von 18-20/x2.
Beides leichte Waffen, auf die du weapon finesse anwenden könntest. Und beides Waffen, mit denen ein Ninja vertraut wäre. Die Frage ist also nun, ob du den Schurkenlevel überhaupt haben willst/brauchst, da du ja meines WIssens nachher den Ninja durchnehmen wolltest und auch damit auf stufe 3 das feat haben kannst.
Du könntest natürlich auch noch dein Starttalent für Martial Weapon Proficiency(Rapier) opfern, falls du unbedingt ein Rapier haben willst. Oder aber du bleibst bei dem einen roguelevel (gibt immerhin 8 skillpunkte mehr und spart dir das waffenfeat). ich würds wohl nicht machen, aber es ist dein Charakter.